Bölgeye egemen olan bey ve ağalar zenginlik ve kudretleriyle yönetimleri altında bulunan halk üzerinde hayranlık, düşmanları üzerinde korku oluşturmak zorunda oldukları için bunu sağlayacak gösterişli saraylar inşa ederek burada yaşamışlardır. Önemli bir konuma sahip olan İshak Paşa Sarayı da görkemiyle, İran, Hindistan veya Kafkaslara seyahat eden değişik seyyahların dikkatini çekmiş ve seyahatnamelerinde yapının eski durumu hakkında çok önemli ipuçları veren gravürler ve bilgiler günümüze kadar ulaşmıştır.

Yüksek bir tepe üzerine “kartal yuvası gibi” kurulmuş olan sarayın kim yada kimler tarafından yaptırıldığı konusunda tek kaynağa bağlı kalınmıştır. Bu kaynakta ikinci avluya bakan Harem Taçkapısı üzerinde yer alan sekiz satırlık bir kitabedir. Osmanlı Türkçesi ile Yazılmış kitabenin orta kısmında “Bin yüz ile doksan dokuz oldu buna tarih İshaka meram üzere kerem kıl dü cihanı” Yazmaktadır. kitabede kasır olduğu belirtilen sarayın, Çıldır Hanedanından I. İshak Paşa’nın torunu II. İshak Paşa tarafından 1199 H. (1784 M.) tarihinde yaptırıldığı ifade edilmektedir.

Osmanlı döneminde, merkezde yapılan saraylar kadar gösterişli ve onlarla yarışır durumda olan İshak Paşa Sarayının katalogda da incelendiği gibi süsleme açısından benzer örneklerine rastlanmamakla birlikte, plan açısından Edirne ve Topkapı Sarayı ile benzerlik gösterdiği dikkat çeker.

Harem taçkapısı, I. Taçkapıdan, II. Taçkapıdan ve selamlık taçkapısından hem süsleme açısından hem de inşası açısından farklı özelliklere sahip olmasının yanında, I. Avluyu II. Avluya bağlayan yüksek taçkapıdan daha gösterişli ve yüksek bir yapıya sahiptir. Günümüze kadar ulaşabilen izlerden ve eski gravürlerden de anlaşılacağı gibi iki katlı bir özellik gösteren harem kısmının üst katları yıkılmış olmasının yanında, II. Taçkapı gibi iki katlı bir özellik gösteren harem taçkapısı fazla zarar görmemiştir.

Selçuklu tarzında inşa edilmiş olan taçkapının, ön kısmında düz bir alanın olması gerekirken, 5-6 m.. kadar ilerisinde olduğu gibi bırakılmış, küçük bir tepecik bulunmakta doğu duvarının tam ortasında yer almamakla beraber hafif güneye kaydırılmış durumda olan taçkapı; 10, 60 m. eninde, 11,80 m. yüksekliğinde ve 4.80 m. derinliğindedir. Düzgün kesme taştan, sağlam bir örgü sistemine sahip olan taçkapı, kuzeyden 3 m. güneyden de 1.5 m. kadar ileri taşırılmış durumda, genel özellikleri bakımından da Selçuklu portelerini hatırlatmaktadır. Anadolu Selçuklu porteleri tarzında, süsleme unsurunun taçkapı ağırlık noktasını teşkil ediyor olması, yan kısımlarındaki duvarların daha sade bir görünüme sahip olması ile de benzeşen İshak Paşa Sarayının I. Taçkapısının boş bırakılmış sade görünümlü, yan duvarları sayesinde kapı anıtsal bir yapıya kavuşarak daha etkili bir görünüm kazanmıştır.

Cephe ile kaynaştırılmış, I. Taçkapı gibi dışa çıkıntı yapmayan II. Kapı, sivri kemerli, ince, uzun bir forma sahiptir h. Gündoğdu tarafından Gotik kapı olarak değerlendirilen ikinci taçkapı, I. Taçkapı ile aynı eksende olmasına rağmen hafif sağa kaydırılmış durumda olup iki katlı bir özellik göstermektedir. ayrıca yüksek taçkapının yanında bulunan pencerelerde iki katlı bir bina kitlesinin varlığına işaret etmektedir. Ancak, varlığı kabul edilen ikinci kattan günümüze hiçbir iz ulaşamamış olmasından dolayı burasının ne şekilde sonuçlandığı, ne şekilde bir düzene sahip olduğu da tam olarak anlaşılamamaktadır.

Taş, mermer ve yer yer de ahşap malzeme kullanılarak yapılmış olan sarayın zaman içerisinde zemin katın örtüsü ile duvarları, üst katların tamamı ve balkonları yıkılmış, bu kısımlardan günümüze ayrıntılı bilgi verecek hususlar pek kalmamıştır. Ancak üst katlara ait bilgileri bugün yerinde kalabilmiş bazı kalıntılardan öğrenebilmekteyiz. Üst ve alt katların birbirleriyle hemen hemen aynı özellikleri paylaşır şekilde yapılmış ve kat bölmelerinin ahşap kirişli, üstlerinin ise teras şeklinde düz damlara sahip olduğu anlaşılmaktadır. Yapıda kullanılan taş yontuculuğu süslemelerde de ağırlığını hissettirmektedir.